В 1870 году дом переименован в Московскую исправительную тюрьму, которая была устроена на 300 мужчин и 150 женщин. После 1917 года тюрьма была разорена, затем вновь восстановлена и расширена.

История «Матросской тишины», значившейся в архивных документах как Тюрьма № 14, начинается с конца 1946 года.

В 1947 году она состояла из двух режимных корпусов общей вместимостью более двух тысяч человек.

В 1949 году был построен третий режимный корпус. До 1953 года здесь располагалась специальная тюрьма с отдельным входом со стороны нынешней психиатрической больницы № 3 им. В.А. Гиляровского. В 1949 – 1950 годах в отдельных камерах содержались военные преступники – нацисты, которые ждали приговора трибунала. В специальной тюрьме в этот же период содержались инженеры, изобретатели, ракетчики.

В 1950-1951 годах были сделаны надстройки режимных и административного корпусов. На крышах первого и второго режимных корпусов были надстроены прогулочные дворы, в которых и в настоящее время осуществляется прогулка заключенных.

Расширение корпусов на территории «Матросской тишины» обусловлено прекращением существования других тюрем города: Сретенской детской колонии, Таганской тюрьмы и Новинской женской тюрьмы.

В связи с разделением тюрем на областные и городские в 1956 году «Тюрьма № 14» была переименована в «Тюрьму № 1».

После смерти Л. Берии в третьем режимном корпусе стали содержать малолетних преступников, вплоть до 1997 года. Здесь несовершеннолетние заключенные получали среднее образование и одновременно зарабатывали деньги на приобретение товаров для личного пользования в ларьке СИЗО, работая в картонажных мастерских, изготавливая мелкий ширпотреб (елочные игрушки, конверты и т.д.).

С 1982 года началось расселение жилищного фонда сотрудников, располагавшегося в административном здании (в третьем подъезде находилось семейное общежитие для сотрудников тюрьмы) и в доме справа от него. После реконструкции в переоборудованных и реконструированных корпусах разместилась больница на 706 мест, в которой получают квалифицированное лечение подозреваемые и обвиняемые, прибывающие на лечение из следственных изоляторов города Москвы.

В 1997 – 1999 годах были проведены капитальный ремонт и незначительная реконструкция третьего режимного корпуса. С августа 1999 года в этом корпусе открылось туберкулезное отделение больницы.

С 1990 года функционирует столовая для личного состава. В 1997 году был пущен в эксплуатацию пищеблок, вновь построенный и оснащенный новым оборудованием.

В 1985 году началось строительство ЦТП, а в 1987 году он был сдан в эксплуатацию.

В 1991 – 1993 годах был проведен капитальный ремонт пятого режимного корпуса, в жилых секциях которого размещались осужденные отряда хозяйственного обслуживания. В настоящее время это благоустроенный жилой корпус, оснащенный новым сантехническим оборудованием.

При тесном взаимодействии руководства учреждения с руководством Московского государственного медицинского стоматологического университета, начиная с 2003 года на базе больницы СИЗО-1 открыты кафедры: фтизиатрии, терапии, дерматовенерологии, хирургии, медико-социальной экспертизы, инфекционных болезней, стоматологии.

    Датой образования следственного изолятора считается 1 сентября    1985 года. На основании приказа Министра внутренних дел СССР на базе режимного корпуса №7 следственного изолятора №1 ГУВД Мосгор-исполкома, более известного, как «Матросская тишина» был создан Специальный следственный изолятор МВД СССР с лимитом наполнения 200 мест под условным наименованием «Учреждение ИЗ-48/4», предназначенный для содержания на период следствия и суда арестованных, в отношении которых необходима строгая изоляция и надзор. Основоположниками формирования коллектива Специального следственного изолятора стали, назначенные в 1985 году начальником учреждения Пухарев Владимир Павлович, заместитель начальника по охране и режиму полковник внутренней службы Бирюков Анатолий Егорович, ранее проходивший службу в следственном изоляторе №2 Мосгорисполкома «Бутырка». Учитывая важность, возлагаемых на следственный изолятор, задач и функций, начальствующий состав учреждения комплектовался из числа наиболее подготовленных сотрудников следственных изоляторов г. Москвы.

    В августе 1991 года в связи с политическими событиями, произошедшими в стране, в изоляторе прошли резкие перемены. Личный состав был отстранён от служебной деятельности и на его смену были прикомандированы сотрудники из других регионов страны, а сотрудники учреждения в свою очередь были прикомандированы к следственным изоляторам г. Москвы.

    В апреле 1994 года приказом Министра внутренних дел РФ Специальный следственный изолятор «Учреждение ИЗ-48/4» был передислоцирован и занимал комплекс зданий на базе следственного изолятора «Лефортово»  по адресу Лефортовский  вал, дом 5. В июне 1997 года приказом Министра внутренних дел РФ Специальный следственный изолятор МВД России был вновь создан на базе уже режимного корпуса №9 СИЗО №1 ГУВД г. Москвы (Матросская тишина).

    В октябре 1998 года ССИЗО «Учреждение ИЗ-48/4» был передан в подчинение  Главному управлению исполнения наказаний Министерства Юстиции. В июле 2001 года приказом Министра юстиции Российской Федерации Специальный следственный изолятор Главного управления исполнения наказаний Министерства Юстиции РФ «Учреждение ИЗ-48/4» был переименован в Специальный следственный изолятор №1 Главного управления исполнения наказаний Министерства Юстиции РФ «Учреждение ИЗ-99/1» и в целях соблюдения международных норм площади на одного обвиняемого был установлен лимит наполнения на  125 мест.

    В апреле 2005 года приказом директора ФСИН России Специальный следственный изолятор №1 Главного управления исполнения наказаний Министерства Юстиции РФ «Учреждение ИЗ-99/1» был  переименован в Федеральное государственное учреждение «Следственный изолятор №1» Федеральной службы исполнения наказаний» (сокращенное наименование - ФГУ ИЗ-99/1 ФСИН России).

    В июне 2008 года приказом Директора ФСИН России «ФГУ ИЗ-99/1 ФСИН России» был переименован в Федеральное бюджетное учреждение «Следственный изолятор №1 ФСИН России». Приказом Директора ФСИН от 14.04.2011 года был изменен тип учреждения и его название на федеральное казённое учреждение «Следственный изолятор №1 ФСИН России» (сокращенное название ФКУ СИЗО-1 ФСИН России).